专业选修课课程齐全、科目很多，按大类可分为拓宽专业选修课、技术选修课和相关专业选修课。
备注：拓宽专业选修课要求学生必须选包括水利工程或地质工程在内的4门课。
技术选修课可选以上课程中的任意5门。
相关专业选修课从非土木和环境工程专业中选2 门课，共6个学分。学生在选修课程前必须修完该课的前期准备课程。
这中间，土木工程系统课程可以算是该学院的专业特色课程，为专业必修课，在二年级春季开设，3 个学分。这门课程的主要观点是将土木工程建筑看作一个系统，系统由各种各样的具有内在联系的构件组成，且与周围社会和自然环境有非常密切的关系。
课程主要介绍土木工程建筑设施的模型分析方法、可持续性分析和经济评价。内容分为3个模块，第一个模块介绍系统和可持续发展的概念;第二个模块提出了一些衡量或优化系统性能的方法;第三个模块介绍对系统进行经济评价的新思想。课程结束后要求学生写一篇报告，报告可以涉及飓风、水处理和分布、河流保护、空间站、交通系统、废物处理等多方面内容，每个学生所作的报告必须解决老师提出的几个关键的问题。
